مهدی باکری در سال ۱۳۳۳ در شهرستان میاندوآب در یک خانواده مذهبی به دنیا آمد.وی در دوران کودکی، مادرش را از دست داد. تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در ارومیه به پایان رساند و در دوره دبیرستان (همزمان با شهادت برادرش علی باکری به دست دژخیمان ساواک) وارد جریانات سیاسی شد.پس از اخذ دیپلم با وجود آنکه از شهادت برادرش بسیار متاثر و متالم بود، به دانشگاه راه یافت و در رشته مهندسی مکانیک مشغول تحصیل شد. از ابتدای ورود به دانشگاه تبریز یکی از افراد مبارز این دانشگاه بود. او برادرش حمید را نیز به همراه خود به این شهر آورد.
مهدی باکری در طول فعالیت‌های سیاسی خود (طبق اسناد محرمانه بدست آمده) از طرف سازمان امنیت آذربایجان شرقی (ساواک) تحت کنترل و مراقبت بود. پس از مدتی حمید را برای برقراری ارتباط با سایر مبارزان، به خارج از کشور فرستاد تا در ارسال سلاح گرم برای مبارزین داخل کشور فعال شود.
مهدی باکری در دوره سربازی با تبعیت از اعلامیه حضرت امام خمینی (رحمت الله علیه) – در حالی که در تهران افسر وظیفه بود – از پادگان فرار و به صورت مخفیانه زندگی کرد و فعالیت‌های گوناگونی را در جهت پیروزی انقلاب اسلامی نیز انجام داد.
پس از پیروزی انقلاب و به دنبال تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به عضویت این نهاد درآمد و در سازماندهی و استحکام سپاه ارومیه نقش فعالی را ایفا کرد. پس از آن بنا به ضرورت، دادستان دادگاه انقلاب ارومیه شد. همزمان با خدمت در سپاه، به مدت ۹ ماه با عنوان شهردار ارومیه نیز خدمات ارزنده‌ای را از خود به یادگار گذاشت.
مهدی باکری در عملیات والفجرمقدماتی و والفجر یک، دو، سه و چهار با عنوان فرمانده لشکر عاشورا، به همراه بسیجیان غیور و فداکار، در انجام تکلیف و نبرد با متجاوزین، آمادگی و ایثار همه‌جانبه‌ای را از خود نشان داد.
بعد از شهادت برادرش حمید و برخی از یارانش، روح در کالبد ناآرامش قرار نداشت و معلوم بود که به زودی به جمع آنان خواهد پیوست. پانزده روز قبل از عملیات بدر به مشهد مقدس مشرف شد و با تضرع از آقاعلی‌بن موسی‌الرضا (ع) خواسته بود که خداوند توفیق شهدت را نصیبش نماید. سپس خدمت حضرت امام خمینی(ره) و حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رسید و با گریه و اصرار و التماس درخواست کرد که برای شهادتش دعا کنند.
این فرمانده دلاور در عملیات بدر در تاریخ ۲۵/۱۱/۶۳، به خاطر شرایط حساس عملیات، طبق معمول، به خطرناکترین صحنه‌های کارزار وارد شد و در حالی که رزمندگان لشکر را در شرق دجله از نزدیک هدایت می کرد، تلاش می‌نمود تا مواضع تصرف شده را در مقابل پاتکهای دشمن تثبیت نماید، که در نبردی دلیرانه، براثر اصابت تیر مستقیم مزدوران عراقی، ندای حق را لبیک گفت و به لقای معشوق نایل گردید.
